管理委託制度は、市との契約に基づき具体的な管理事務、業務の執行を行うもので、施設の管理権限、責任は市あり、公権力の行使に当る使用許可などは委託できませんでした。指定管理者制度では、施設の管理に関する権限を代行させるもので、使用許可等を行うことができます。（その場合、使用許可は指定管理者名で行うことになります。）

指定管理者は施設の設置者である市に代わって管理を代行するもので、その指定は行政処分の一種で、契約ではありません。従って、入札ではなく、公募等を行い、施設の設置目的を効率的に達成する観点から選考することになります。

管理委託制度では、市町村などの公共団体、協同組合などの公共的団体、自治体が1/2以上出資する法人に限定されていましたが、指定管理者制度では、「法人その他団体」となっており、個人は認められませんが、民間企業や法人格を有さない団体も認められます。なお、指定管理者の指定は、議会の議決が必要です。

指定の期間については法令上定めはなく、各自治体が施設の目的や実情を勘案して適切な期間を定めることになります。

管理運営に要する経費は、（1）市が全額支出する（2）市の支出と指定管理者が収受する利用料金で賄う（3）指定管理者が収受する利用料金だけで賄う、方法があります。

公の施設の利用については、地方自治法第244条で不平等の扱いは禁止されており、指定管理者もその規定の適用を受けます。また、条例で管理の基準を定め、それに基づき使用許可（行政処分）を行うこととなっております。なお、行政処分に対する不服申立は、市にすることとされています。

指定管理者の自主的な経営努力を発揮しやすくし、また、利用料金の会計事務の効率化を図るため、その施設の利用料金を指定管理者の収入とすることができます。（利用料金制）施設の性格、運営状態を踏まえ導入を判断します。

利用料金制を導入する場合、利用料金は指定管理者が決めることになりますが、条例で基本的な枠組み（金額の上限、算定方法等）を規定しており、また、市の承認が必要ですので、指定管理者が自由に決められるわけではありません。

従前同様、清掃、警備、メンテナンスなど個々の具体的業務を民間事業者に個々に委託（私法上の業務委託契約）することはできますが、一の事業者に包括的に行わせるなら、指定管理者として指定することになります。また、指定管理者は個々の業務を個々に第三者に委託することはできますが、管理に関する業務を一括で委託することはできません。

公の施設の管理業務に係る出納関連の事務については、地方自治法の規定で監査委員による監査の対象となります。管理業務そのものは監査の対象となりませんが、設置者である市の事務を監査するのに必要があれば、 調査又は、書類等の提出を求めることはできます。

国家賠償法では、公の営造物の設置や管理の瑕疵により利用者に損害を与えた場合には、地方公共団体に賠償請求できます。指定管理者に管理代行させた場合であっても、市は公の施設の設置者であることに変わりはなく、市が責任を負うことになります。

市は指定管理者に対し、業務又は経理の状況の報告を求め、実地調査を実施し、又は必要な指示をすることになっており、指示に従わない場合や、管理を継続することが、適当でないと認められる場合は指定の取り消しや、管理業務の停止を命じることができます。